醫療體系在自閉兒鑒定的實施中沒有一致的流程與規范，但是教育體系由學校內輔導室負責統整特殊兒童的發現、篩選，以及各縣市政府‘特殊學生鑒定、安置及就學輔導委員會’（簡稱鑒輔會）統籌整體鑒定、安置等相關事項，因此，鑒定流程包括發現、篩選及鑒定三階段：

　 ‘發現階段’中，由于自閉兒的癥狀常于嬰幼兒期就出現，最晚也在三歲以前出現。父母或其他主要照顧者透過平時互動與觀察，由孩子與同儕比較中發現口語或非口語溝通的遲緩、視線接觸少、情感理解與表達、行為模式及興趣缺乏變化等現象，則可到教學醫院接受鑒定，或年齡三歲以上時，向學校鑒定小組提出鑒定的申請。

　 ‘篩選階段’主要在過濾疑似自閉兒的個案，以便進行進一步的鑒定工作?？捎舍t生或學校鑒定小組實施簡易的篩選工作，如‘克氏行為量表’、‘自閉癥兒童篩選量表’等工具篩選出疑似個案，而后進一步到醫院接受鑒定、或透過學校向縣市鑒輔會提出申請。

　 ‘鑒定階段’中，已鑒定或領有自閉癥手冊的孩子不需再接受鑒定，而是評估能力現況；未鑒定或領有非自閉癥手冊而有疑義的孩子，鑒輔會應安排適當的心理評量教師進行評量或安排至適當的醫院鑒定，以確認是否為自閉兒。